A então Delegacia de Ensino Regional de Fernandópolis foi criada pela Lei nº 9.278, de 11 de abril de 1966, proveniente da fusão de duas Diretorias: Diretoria do Ensino Básico e Diretoria de Ensino Secundário e Normal, que após fusão de ambas foi instalada na Rua Minas Gerais, sob a administração do Senhor Ramon Carmona. Em 1979 foi transferida para a Rua Espírito Santo, sob a administração do Sr. Tomaz G. Navarro. Em 1986, sob a administração da Senhora Adélia Menezes da Silva, ocorreu uma adequação do prédio, quando a Escola Estadual Líbero de Almeida Silvares cedeu uma parte do seu prédio, localizada à Rua Amapá, nº 933, Bairro jardim América, onde se encontra até a presente data.
Em 9 de abril de 1999, o então Governador do Estado de São Paulo, Sr. Mário Covas, promulga o Decreto nº 43.948, através do qual as Delegacias de Ensino passam a denominar-se Diretorias de Ensino.
Atualmente, a Diretoria de Ensino Região de Fernandópolis possui sob sua jurisdição 15 minicípios. São eles: Estrela d’Oeste – Fernandópolis – General Salgado – Guarani d’Oeste – Indiaporã – Macedônia – Magda – Meridiano – Mira Estrela – Ouroeste – Pedranópolis – Populina – São João das Duas Pontes – São João de Iracema – Turmalina
A Diretoria de Ensino Região de Fernandópolis encontra-se, hoje, sob a gestão da Dirigente Maria Aparecida Mendonça.
